1. Altıncı Tükeniş
Yayın tarihi: 8 Kas 1999 · 45 dakika
Scully, Afrika'da sahile vurmuş uzay gemisindeki sembollerin anlamını çözmeye çalışırken, Mulder da şiddetli beyin aktivitelerinin esiri olur.
2. Altıncı Tükeniş II: Kader Sevgisi
Yayın tarihi: 15 Kas 1999 · 45 dakika
Bilinci kapalı olan Mulder'ın rüyaları onu Gizli Dosyalar'dan uzaklaştırır ama Scully onu bulmaya kararlıdır.
3. Aç
Yayın tarihi: 22 Kas 1999 · 45 dakika
İnsan beynine aç bir canavar, sıra dışı yeme alışkanlıklarına çare bulmaya çalışır.
4. Millennium
Yayın tarihi: 29 Kas 1999 · 45 dakika
Mulder ve Scully, suçlu profil uzmanı Frank Black'in yardımı alarak Milenyum Grup üyelerinin Kıyamet Yeni Yılı yaratmalarına engel olmaya çalışır.
5. Hızlı
Yayın tarihi: 6 Ara 1999 · 45 dakika
Ergen bir katil, insan gözünün takip edemeyeceği kadar hızlı hareket ederek Mulder ve Scully'yi atlatır.
6. Goldberg Değişkeni
Yayın tarihi: 13 Ara 1999 · 45 dakika
Mulder ve Scully, aşırı derecede iyi şansla lanetlenen bir adamı soruştururken gerçek bir Rube Goldberg cihazına yakalanırlar.
7. Orison
Yayın tarihi: 10 Oca 2000 · 45 dakika
Rahip Orison, hapisten çıkmasına yardım ederek Donnie Pfaster'ı günahlarından arındırmayı umar. Ama Pfaster'ın tek istediği şey elinden kaçırdığı kadındır: Scully.
8. İnanılmaz Maleeni
Yayın tarihi: 17 Oca 2000 · 45 dakika
Küçük çapta bir hokkabaz, kafası 360 derece döndükten hemen sonra ölü olarak bulunduğunda Mulder, bunun yanlış giden bir hokkabazlık numarası olduğundan şüphelenir ama Scully basit bir cinayet vakası olduğuna inanır.
9. İşaretler ve Mucizeler
Yayın tarihi: 24 Oca 2000 · 45 dakika
Yılanlar günahkârları öldürmeye başlar ama Mulder ve Scully bunun ilahi bir müdahale olduğuna inanmaz.
10. Varlık ve Zaman
Yayın tarihi: 7 Şub 2000 · 45 dakika
Küçük bir kızın garip bir şekilde kaybolması, Mulder'ın daha önceki açıklanamayan kaçırılmalarla bağlantı kurmasına neden olur ama Scully, Mulder'ın bu vakayı kız kardeşinin kaybıyla ilişkilendirdiğine inanır.
11. Kapanış
Yayın tarihi: 14 Şub 2000 · 45 dakika
Mulder, Samantha'nın kaçırılmasına dair ipuçları aramaya devam eder ve kardeşinin kaderine dair uzun zamandır aradığı cevapları bulur.
12. Gizli Polisler
Yayın tarihi: 21 Şub 2000 · 45 dakika
Los Angeles sokaklarında bir canavarı soruşturan Mulder ve Scully, belgesel çeken bir "Cops" kamera ekibi tarafından takip edilirler.
13. First Person Shooter
Yayın tarihi: 28 Şub 2000 · 45 dakika
İleri teknoloji bir sanal gerçeklik oyununda gerçekleşen bir cinayet sonucu Scully, Mulder'ın hayatını kurtarmak için ölümcül dijital bir karakterle savaşır.
14. Hırsız
Yayın tarihi: 13 Mar 2000 · 45 dakika
Mulder ve Scully, bir doktorun ailesini tehdit eden sorunun kaynağının büyü olmasından şüphelenirler.
15. Dostça
Yayın tarihi: 20 Mar 2000 · 45 dakika
Sigara İçen Adam, kendisiyle gelmesi hâlinde Scully'ye kanserin tedavisini teklif eder ve Scully bu yolculuğu Mulder'dan saklar.
16. Kimera
Yayın tarihi: 3 Nis 2000 · 45 dakika
Mulder, yaramaz bir kuzguna bakarken yaratığın temiz bir evi sevdiğini öğrenir. Bu sırada Scully de rahatsız edici bir polis incelemesine katlanmak zorunda kalır.
17. Her Şey
Yayın tarihi: 10 Nis 2000 · 45 dakika
Bir dizi tesadüf Scully'yi geçmişinden biriyle karşı karşıya getirir; bu da duygusal ve profesyonel tercihlerini sorgulamasına neden olur.
18. Gizli Marka
Yayın tarihi: 17 Nis 2000 · 45 dakika
Bir muhbir, tütün endüstrisinin en son ölümcül icadının sırrına vâkıftır.
19. M.S. Hollywood
Yayın tarihi: 1 May 2000 · 45 dakika
Bir Gizli Dosya bir Hollywood filmine konu olur ama Mulder ve Scully, vakalarının ve kendilerinin beyazperdede çarpıtıldığını fark eder.
20. Dövüş Kulübü
Yayın tarihi: 8 May 2000 · 45 dakika
Ajanların yolu, gittikleri her yerde arkalarında yıkım bırakan bir çift şekil değiştirenle kesişir.
21. Keşke
Yayın tarihi: 15 May 2000 · 45 dakika
Aldırışsız bir cin üç dilek hakkı bahşeder ama bahşettiği şeyler talihten çok karmaşa getirir.
22. Ağıt
Yayın tarihi: 22 May 2000 · 45 dakika
Yedi yıl önceki ilk soruşturmalarındaki olay mahalline dönen Mulder ve Scully, ortaklıklarını bitirebilecek bir UFO'yla karşılaşırlar.